Hướng dẫn thủ tục hải quan xuất nhập khẩu tại chỗ chuẩn

Xuất nhập khẩu tại chỗ (XNK tại chỗ) là hình thức giao thương ngày càng phổ biến tại Việt Nam, đặc biệt trong các khu công nghiệp và khu chế xuất. Tuy nhiên, thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa đi kèm lại khiến nhiều doanh nghiệp lúng túng. Bài viết này cung cấp hướng dẫn toàn diện — từ hồ sơ, quy trình, thời hạn đến các quy định về thuế — để doanh nghiệp chủ động thực hiện đúng, đủ, không sai sót.

Khái Quát Về Xuất Nhập Khẩu Tại Chỗ

Xuất Nhập Khẩu Tại Chỗ Là Gì?

Xuất nhập khẩu tại chỗ là hình thức doanh nghiệp tại Việt Nam (bao gồm cả doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài) bán hàng cho thương nhân nước ngoài, nhưng thay vì vận chuyển ra khỏi lãnh thổ, hàng hóa được giao trực tiếp cho một doanh nghiệp khác tại Việt Nam theo chỉ định của bên mua nước ngoài.

Nói cách khác, giao dịch mang bản chất quốc tế nhưng hàng hóa không vượt biên. Dù vậy, mọi nghĩa vụ khai báo hải quan vẫn phải thực hiện đầy đủ như hàng xuất nhập khẩu thông thường.

Các Loại Hàng Hoá Được Xuất Nhập Khẩu Tại Chỗ

Theo khoản 1 Điều 86 Thông tư 38/2015/TT-BTC, ba nhóm hàng hóa được phép XNK tại chỗ gồm:

• Sản phẩm gia công và nguyên liệu liên quan: Máy móc, thiết bị thuê/mượn; nguyên liệu, vật tư dư thừa; phế liệu, phế phẩm thuộc hợp đồng gia công theo quy định tại Điều 42 Nghị định 69/2018/NĐ-CP.
• Hàng hóa giữa doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp chế xuất: Giao dịch mua bán giữa doanh nghiệp nội địa với doanh nghiệp chế xuất hoặc doanh nghiệp trong khu phi thuế quan.
• Hàng hóa theo chỉ định của thương nhân nước ngoài: Hàng mua bán giữa doanh nghiệp Việt Nam với tổ chức, cá nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam và được thương nhân nước ngoài chỉ định giao, nhận hàng với doanh nghiệp khác tại Việt Nam.

Lợi Ích Khi Xuất Nhập Khẩu Tại Chỗ

So với xuất nhập khẩu truyền thống, hình thức tại chỗ mang lại ba lợi thế cốt lõi cho doanh nghiệp:

• Tiết kiệm chi phí logistics: Hàng hóa không cần vận chuyển qua cảng biển hay sân bay quốc tế, loại bỏ hoàn toàn chi phí cước tàu, phí cảng và bảo hiểm vận chuyển quốc tế.
• Rút ngắn thời gian giao nhận: Hàng được giao trực tiếp trong lãnh thổ Việt Nam, giảm đáng kể thời gian chờ đợi so với vận chuyển xuyên biên giới.
• Ưu đãi về thuế: Hàng hóa xuất khẩu tại chỗ được áp dụng thuế suất GTGT 0%, đồng thời nhiều trường hợp được miễn thuế nhập khẩu khi nguyên liệu phục vụ sản xuất hàng xuất khẩu.

Hồ Sơ Hải Quan Của Thủ Tục Xuất Nhập Khẩu Tại Chỗ

Theo Điều 16, khoản 2 Điều 86 Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi tại Thông tư 39/2018/TT-BTC), hồ sơ hải quan XNK tại chỗ được chia thành hai bộ riêng biệt cho bên xuất khẩu và bên nhập khẩu.

Hồ sơ bên xuất khẩu tại chỗ:

• Tờ khai hải quan xuất khẩu (mã loại hình: B11)
• Hợp đồng mua bán ngoại thương có địa chỉ giao hàng tại Việt Nam
• Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice) hoặc hóa đơn GTGT thuế suất 0%
• Danh sách đóng gói (Packing list)
• Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ
• Giấy phép xuất khẩu và các chứng từ kiểm tra chuyên ngành (nếu có)

Hồ sơ bên nhập khẩu tại chỗ:

• Tờ khai hải quan nhập khẩu (mã loại hình: A42)
• Hợp đồng mua bán ngoại thương hoặc hợp đồng gia công có chỉ định nhận hàng tại Việt Nam
• Hóa đơn thương mại hoặc hóa đơn GTGT (áp dụng khi giao dịch với doanh nghiệp chế xuất hoặc khu phi thuế quan)
• Danh sách đóng gói (Packing list)
• Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ
• Các chứng từ kiểm tra chuyên ngành (bao gồm việc phân biệt CoC và CQ), giấy phép nhập khẩu (nếu hàng thuộc diện kiểm soát)

Lưu ý: Trường hợp giao dịch giữa doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp chế xuất hoặc khu phi thuế quan, người khai hải quan dùng hóa đơn GTGT hoặc hóa đơn bán hàng thay cho hóa đơn thương mại. Riêng giao dịch cho thuê tài chính với doanh nghiệp chế xuất thì không cần nộp hóa đơn thương mại hay hóa đơn GTGT.

Quy Trình Thực Hiện Thủ Tục Hải Quan Xuất Nhập Khẩu Tại Chỗ

Quy trình XNK tại chỗ vận hành theo cơ chế phối hợp giữa ba bên: người xuất khẩu, người nhập khẩu và cơ quan hải quan. Mỗi bên có trách nhiệm riêng biệt, rõ ràng trong quy trình xuất nhập hàng hóa này theo quy định tại khoản 5 Điều 86 Thông tư 38/2015/TT-BTC.

Trách Nhiệm Của Người Xuất Khẩu

Người xuất khẩu thực hiện ba nhiệm vụ tuần tự:

• Khai tờ khai xuất khẩu: Khai thông tin tờ khai hải quan xuất khẩu và khai vận chuyển kết hợp. Tại ô “Điểm đích cho vận chuyển bảo thuế”, ghi rõ mã địa điểm của Chi cục Hải quan làm thủ tục nhập khẩu. Tại ô “Số quản lý nội bộ của doanh nghiệp”, khai theo cú pháp: #&XKTC (hoặc ghi vào ô “Ghi chép khác” trên tờ khai giấy).
• Thực hiện thủ tục xuất khẩu: Hoàn tất thủ tục theo quy định, sau đó thông báo cho người nhập khẩu để tiến hành nhập khẩu và nhận hàng.
• Tiếp nhận thông tin từ bên nhập khẩu: Nhận thông tin tờ khai nhập khẩu tại chỗ đã hoàn thành thủ tục hải quan để thực hiện các bước tiếp theo như thanh lý, hoàn thuế (nếu có).

Trách Nhiệm Của Người Nhập Khẩu

Người nhập khẩu chịu trách nhiệm theo đúng trình tự dưới đây:

• Khai tờ khai nhập khẩu đúng hạn: Tại ô “Số quản lý nội bộ doanh nghiệp”, khai theo cú pháp: #&NKTC#&[số tờ khai xuất khẩu tại chỗ tương ứng].
• Thực hiện thủ tục nhập khẩu: Hoàn tất theo quy định và thông báo ngay cho người xuất khẩu tại chỗ sau khi xong thủ tục.
• Chỉ đưa hàng vào sản xuất hoặc tiêu thụ sau khi hàng đã được thông quan. Đây là điều kiện bắt buộc, vi phạm sẽ dẫn đến rủi ro pháp lý nghiêm trọng.

Trách Nhiệm Của Cơ Quan Hải Quan

Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu có hai nhiệm vụ chính: thực hiện thủ tục hải quan theo Chương II Thông tư 38/2015/TT-BTC và theo dõi các tờ khai xuất khẩu tại chỗ đã hoàn thành nhưng chưa có tờ khai nhập khẩu tương ứng. Khi phát hiện trường hợp chưa làm thủ tục nhập khẩu, cơ quan hải quan nơi xuất khẩu thông báo cho Chi cục Hải quan nơi dự kiến làm thủ tục nhập khẩu để phối hợp đôn đốc.

Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ theo kết quả phân luồng của hệ thống. Nếu hàng hóa đã được kiểm tra thực tế tại Chi cục Hải quan xuất khẩu thì không cần kiểm tra lại. Hàng tháng, Chi cục tổng hợp danh sách tờ khai nhập khẩu tại chỗ đã thông quan gửi cơ quan thuế địa phương theo mẫu 01/TB-XNKTC/GSQL.

Thời Hạn Và Địa Điểm Làm Thủ Tục Hải Quan Xuất Nhập Khẩu Tại Chỗ

Theo khoản 4 Điều 86 Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi tại Thông tư 39/2018/TT-BTC), người nhập khẩu tại chỗ phải hoàn tất thủ tục hải quan trong vòng 15 ngày làm việc kể từ ngày thông quan hàng hóa xuất khẩu. Đây là thời hạn bắt buộc — vượt quá sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính về hải quan.

Về địa điểm, doanh nghiệp được chọn Chi cục Hải quan thuận tiện nhất để làm thủ tục, trừ ba trường hợp đặc biệt:

• Sản phẩm gia công nhập khẩu tại chỗ để sản xuất hàng tiêu thụ nội địa: thủ tục thực hiện tại Chi cục Hải quan quản lý hợp đồng gia công có sản phẩm xuất khẩu tại chỗ.
• Sản phẩm không phải gia công nhập khẩu tại chỗ để làm nguyên liệu sản xuất hàng xuất khẩu: thủ tục thực hiện tại Chi cục Hải quan quản lý hợp đồng nhập khẩu nguyên liệu.
• Sản phẩm gia công nhập khẩu tại chỗ để làm nguyên liệu sản xuất hàng xuất khẩu: nếu hai hợp đồng do hai Chi cục quản lý khác nhau, thủ tục xuất khẩu tại chỗ thực hiện tại Chi cục quản lý hợp đồng gia công; thủ tục nhập khẩu tại chỗ thực hiện tại Chi cục quản lý hợp đồng nhập khẩu nguyên liệu.

Quy Định Về Thuế Và Điều Kiện Áp Dụng

Điều Kiện Để Hàng Hóa Được Xuất Nhập Khẩu Tại Chỗ

Để hàng hóa được phép XNK tại chỗ, giao dịch cần đáp ứng đồng thời các điều kiện sau:

• Có hợp đồng mua bán ngoại thương với thương nhân nước ngoài, trong đó ghi rõ địa điểm giao hàng tại Việt Nam (đối với xuất khẩu) hoặc có chỉ định nhận hàng tại Việt Nam (đối với nhập khẩu).
• Hàng hóa thuộc danh mục được phép XNK tại chỗ theo khoản 1 Điều 86 Thông tư 38/2015/TT-BTC.
• Các bên tham gia giao dịch phải tuân thủ đầy đủ quy định pháp luật về thương mại quốc tế, đáp ứng các tiêu chuẩn kỹ thuật (chẳng hạn như quy trình cấp chứng nhận GS nếu có yêu cầu), an toàn thực phẩm, môi trường và các quy định chuyên ngành khác.
• Người nhập khẩu chỉ được đưa hàng vào sản xuất hoặc tiêu thụ sau khi hàng đã được thông quan.

Thuế Suất Thuế GTGT Đối Với Hàng Hoá Xuất Khẩu Tại Chỗ

Theo Luật Thuế Giá trị gia tăng (sửa đổi, bổ sung năm 2013, 2014, 2016), hàng hóa xuất khẩu — bao gồm xuất khẩu tại chỗ — được áp dụng thuế suất GTGT 0%. Doanh nghiệp xuất khẩu tại chỗ xuất hóa đơn với mức thuế suất 0% và có quyền hoàn thuế GTGT đầu vào theo quy định.

Tuy nhiên, một số trường hợp không được áp dụng thuế suất 0%, gồm: tái bảo hiểm ra nước ngoài; chuyển giao công nghệ, quyền sở hữu trí tuệ ra nước ngoài; dịch vụ tài chính phái sinh; sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên, khoáng sản chưa chế biến thành sản phẩm khác; thuốc lá, rượu, bia nhập khẩu rồi xuất khẩu; và hàng hóa cung cấp cho cá nhân không đăng ký kinh doanh trong khu phi thuế quan.

Về thuế xuất khẩu, mức thuế xác định theo mã HS. Phần lớn hàng hóa có thuế xuất khẩu bằng 0%, ngoại trừ một số mặt hàng như khoáng sản, gạo, gỗ và ván. Về thuế nhập khẩu, hàng hóa xuất vào khu chế xuất thường không chịu thuế nhập khẩu vì mặc định sẽ xuất khỏi lãnh thổ Việt Nam. Nếu sau đó chuyển mục đích tiêu thụ nội địa, doanh nghiệp phải mở tờ khai chuyển mục đích sử dụng và nộp thuế nhập khẩu, thuế GTGT tương ứng.

Quy Định Sử Dụng Hoá Đơn Điện Tử Cho Hàng Hoá Xuất Khẩu

Doanh nghiệp thực hiện xuất khẩu tại chỗ sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Thông tư 78/2021/TT-BTC. Hóa đơn xuất khẩu cần thể hiện đầy đủ thông tin người mua, người bán, mô tả hàng hóa, đơn giá, tổng giá trị và mức thuế suất GTGT 0%.

Đối với giao dịch giữa doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp chế xuất hoặc khu phi thuế quan, người khai hải quan dùng hóa đơn GTGT hoặc hóa đơn bán hàng điện tử thay cho hóa đơn thương mại. Hóa đơn này đồng thời là chứng từ chứng minh giao dịch trong hồ sơ hải quan và hồ sơ khai thuế, nên phải khớp thông tin với tờ khai hải quan và hợp đồng mua bán.

Doanh nghiệp cần lưu trữ toàn bộ hóa đơn và chứng từ liên quan theo đúng thời hạn quy định của pháp luật để phục vụ kiểm tra, kiểm toán sau thông quan.

Thủ tục hải quan XNK tại chỗ đòi hỏi sự phối hợp chặt chẽ giữa các bên và am hiểu quy định pháp lý. Doanh nghiệp nắm vững quy trình sẽ chủ động kiểm soát thời hạn, hạn chế rủi ro bị phạt và tận dụng tối đa ưu đãi thuế.

Tại LogiHub, chúng tôi cung cấp hệ thống kho bãi đạt chuẩn tại TP.HCM và các khu vực lân cận — sẵn sàng hỗ trợ doanh nghiệp trong khâu lưu trữ, giao nhận hàng hóa XNK tại chỗ an toàn, đúng tiến độ. Liên hệ LogiHub để được tư vấn giải pháp kho phù hợp với quy trình vận hành của bạn.