Thủ tục hải quan xuất khẩu là toàn bộ quy trình khai báo, nộp hồ sơ, kiểm tra và hoàn thành nghĩa vụ thuế với cơ quan hải quan để hàng hóa được phép rời khỏi lãnh thổ Việt Nam một cách hợp pháp. Quy trình này không chỉ đảm bảo tuân thủ pháp luật mà còn là điều kiện để doanh nghiệp tiếp cận các ưu đãi thuế quan từ các Hiệp định thương mại tự do (FTA).
Bài viết dưới đây hướng dẫn toàn bộ quy trình thông quan xuất khẩu — từ bước chuẩn bị hồ sơ, khai báo điện tử, đến lưu trữ chứng từ sau thông quan — theo các quy định cập nhật nhất năm 2026.
Quy Trình Làm Thủ Tục Hải Quan Xuất Khẩu Hàng Hóa
Để hàng hóa được thông quan thuận lợi và hạn chế rủi ro bị phân vào luồng kiểm tra, doanh nghiệp cần thực hiện đúng thứ tự từng bước theo quy trình chuẩn của Tổng cục Hải quan.
Bước 1: Chuẩn Bị Hàng Hóa Và Bộ Chứng Từ Cần Thiết
Trước khi khai báo, doanh nghiệp cần xác định rõ mã HS của lô hàng và kiểm tra xem hàng có thuộc danh mục cấm xuất khẩu hoặc xuất khẩu có điều kiện theo Nghị định 69/2018/NĐ-CP không. Nếu hàng thuộc nhóm nông sản, thực phẩm, gỗ hoặc máy móc đã qua sử dụng cần kiểm tra điều kiện tiêu chuẩn như chứng nhận GS, doanh nghiệp phải tiến hành kiểm dịch, hun trùng và kiểm tra chất lượng trước khi lên tờ khai.
[Hình minh họa gợi ý: Nhân viên đang kiểm tra và đối chiếu chứng từ xuất khẩu tại văn phòng logistics — thể hiện sự chuẩn bị kỹ lưỡng trước khi làm thủ tục hải quan.]
Bước 2: Khai Và Truyền Tờ Khai Hải Quan Điện Tử Trên Hệ Thống VNACCS/VCIS
Sau khi hoàn thiện hồ sơ, doanh nghiệp tiến hành khai báo tờ khai hải quan điện tử qua hệ thống VNACCS/VCIS theo chuẩn của Tổng cục Hải quan. Tờ khai bao gồm thông tin người xuất khẩu, người nhập khẩu, tên hàng, mã HS, số lượng, trị giá, điều kiện giao hàng và các chứng từ đính kèm dạng điện tử.
Sau khi tờ khai được truyền thành công, hệ thống tự động phân luồng theo cơ chế quản lý rủi ro:
| Luồng | Kết quả kiểm tra | Thời gian thông quan |
|---|---|---|
| Luồng xanh | Thông quan tự động, không kiểm tra hồ sơ hay hàng hóa | 15 – 30 phút |
| Luồng vàng | Kiểm tra hồ sơ điện tử hoặc hồ sơ giấy, không kiểm tra hàng thực tế | 2 – 4 giờ |
| Luồng đỏ | Kiểm tra cả hồ sơ và thực tế hàng hóa (cân, đo, kiểm đếm) | 1 – 2 ngày làm việc |
Doanh nghiệp có thể trực tiếp khai báo hoặc ủy quyền cho các đơn vị trung gian chuyên nghiệp tham gia vào quy trình xuất nhập hàng hóa của Forwarder được Tổng cục Hải quan cấp phép.
Bước 3: Thực Hiện Nghĩa Vụ Thuế Và Các Khoản Phí Liên Quan
Sau khi tờ khai được hệ thống chấp nhận, doanh nghiệp hoàn thành nghĩa vụ tài chính. Tùy theo loại hàng, các khoản phải nộp có thể gồm thuế xuất khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế bảo vệ môi trường. Hiện nay, việc nộp thuế chủ yếu thực hiện qua hệ thống thanh toán điện tử 24/7 thông qua ngân hàng phối hợp thu với cơ quan hải quan — giúp rút ngắn thời gian thông quan đáng kể.
Bước 4: Kiểm Tra Và Thông Quan Hàng Hóa
Với tờ khai luồng vàng, hải quan chỉ kiểm tra hồ sơ. Với luồng đỏ, hải quan kiểm tra cả hồ sơ lẫn thực tế hàng hóa. Căn cứ theo Khoản 1, Điều 19, Luật Hải quan, thời gian tiếp nhận và kiểm tra hồ sơ được xử lý ngay sau khi nộp đủ hồ sơ đúng quy định. Thời gian hoàn thành kiểm tra thực tế hàng hóa tối đa là 08 giờ làm việc với hình thức kiểm tra một phần và 02 ngày làm việc với hình thức kiểm tra toàn bộ.
When hồ sơ và thực tế hàng hóa phù hợp, cơ quan hải quan xác nhận thông quan trên hệ thống và doanh nghiệp được phép đưa hàng ra khỏi khu vực giám sát.
Bước 5: Lưu Trữ Hồ Sơ Sau Thông Quan
Sau khi thông quan, doanh nghiệp lưu trữ đầy đủ hồ sơ trong thời hạn 05 năm theo quy định pháp luật. Bộ hồ sơ cần lưu gồm tờ khai điện tử, chứng từ thương mại, chứng từ thanh toán, giấy phép chuyên ngành và các tài liệu liên quan đến lô hàng. Việc lưu trữ hệ thống giúp doanh nghiệp đối phó với công tác hậu kiểm hoặc thanh tra thuế về sau.
Trọn Bộ Hồ Sơ Hải Quan Đối Với Hàng Hóa Xuất Khẩu
Chứng Từ Bắt Buộc Cho Hầu Hết Các Lô Hàng
Theo Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC), bộ hồ sơ hải quan xuất khẩu bắt buộc gồm các chứng từ sau:
| Chứng từ | Mô tả |
|---|---|
| Tờ khai hải quan điện tử | Khai trên hệ thống VNACCS/VCIS theo chuẩn Tổng cục Hải quan |
| Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice) | Thể hiện giá trị hàng hóa để khai trị giá hải quan |
| Phiếu đóng gói (Packing List) | Liệt kê chi tiết số kiện, trọng lượng, quy cách hàng |
| Hợp đồng mua bán (Sales Contract) | Chứng minh giao dịch thương mại giữa hai bên |
| Booking Confirmation | Xác nhận chỗ trên tàu từ hãng tàu hoặc đại lý vận chuyển |
| Chứng nhận xuất xứ (C/O) | Áp dụng khi xin ưu đãi thuế theo các FTA |
| Giấy phép xuất khẩu | Nếu hàng thuộc diện quản lý theo Nghị định 69/2018/NĐ-CP |
Doanh nghiệp cần đảm bảo tính thống nhất giữa các chứng từ. Sai lệch dữ liệu giữa tờ khai, hóa đơn và vận đơn là nguyên nhân hàng đầu dẫn đến phân luồng vàng hoặc luồng đỏ.
Chứng Từ Bổ Sung Tùy Theo Mặt Hàng Đặc Thù
Ngoài bộ hồ sơ bắt buộc, một số nhóm hàng đặc thù phát sinh thêm chứng từ chuyên ngành:
- Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật (Phytosanitary Certificate): Áp dụng với nông sản, hạt nhóm, gỗ nguyên liệu.
- Giấy chứng nhận kiểm dịch động vật/thủy sản: Bắt buộc với hàng động vật sống, sản phẩm có nguồn gốc động vật và thủy sản.
- Giấy chứng nhận hun trùng (Fumigation Certificate): Phát sinh khi lô hàng sử dụng pallet gỗ hoặc bao bì gỗ theo tiêu chuẩn ISPM 15 — phổ biến với hàng xuất sang các thị trường EU, Mỹ, Úc.
- Giấy phép xuất khẩu chuyên ngành: Áp dụng với khoáng sản, hóa chất, phế liệu kim loại, vật liệu nổ công nghiệp theo Phụ lục Nghị định 69/2018/NĐ-CP.
- Chứng thư kiểm định chất lượng (CQ/CA) hoặc chứng nhận hợp quy CoC: Bắt buộc với thiết bị, máy móc đã qua sử dụng hoặc hàng thuộc diện kiểm tra chất lượng nhà nước.
- Giấy chứng nhận an toàn thực phẩm: Áp dụng với thực phẩm, đồ uống, phụ gia và sản phẩm tiếp xúc trực tiếp với thực phẩm.
Việc chuẩn bị đúng và đủ chứng từ chuyên ngành giúp doanh nghiệp rút ngắn thời gian thông quan và hạn chế rủi ro bị phân vào luồng kiểm tra.
Các Loại Thuế Và Chi Phí Cần Biết Khi Thông Quan Hàng Hóa
Thuế Xuất Khẩu Và Thuế VAT
Theo Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (được sửa đổi bởi Luật 90/2025/QH15), phần lớn hàng hóa xuất khẩu có thuế suất 0%. Tuy nhiên, một số nhóm hàng đặc biệt như khoáng sản thô, phế liệu kim loại, than, gỗ vẫn chịu thuế xuất khẩu theo Biểu thuế của Chính phủ.
Về thuế VAT, theo Thông tư 219/2013/TT-BTC, hàng xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0% khi đáp ứng đủ ba điều kiện: có hợp đồng xuất khẩu, có chứng từ thanh toán qua ngân hàng và có tờ khai hải quan đã được xác nhận thông quan.
Chi Phí Và Các Lệ Phí Hải Quan Khác
Ngoài thuế, doanh nghiệp cần tính đến các khoản phí phát sinh khi thực hiện thủ tục thông quan:
| Loại phí | Cơ sở pháp lý / Ghi chú |
|---|---|
| Lệ phí hải quan | Thu theo Thông tư 14/2024/TT-BTC cho việc đăng ký, kiểm tra và xác nhận tờ khai |
| Phí hạ tầng cảng biển | Quy định theo từng tỉnh/thành phố; mức phí tùy loại hàng và phương tiện |
| Chi phí kiểm dịch, hun trùng | Áp dụng với nông sản, gỗ, thủy sản theo yêu cầu kiểm dịch thực vật và tiêu chuẩn ISPM 15 |
| Chi phí nâng/hạ container (THC) | Phát sinh khi hàng kiểm hóa theo luồng đỏ hoặc xuất khẩu container nguyên (FCL) |
| Phí giám sát/bốc xếp nội bộ | Áp dụng khi hải quan yêu cầu soi chiếu, kiểm tra lại hoặc thay đổi địa điểm kiểm hóa |
Dự trù đầy đủ các khoản phí trên giúp doanh nghiệp kiểm soát chi phí và tránh phát sinh ngoài kế hoạch trong quá trình thông quan.
Cập Nhật Quy Định Mới Về Thủ Tục Hải Quan Xuất Khẩu
Tăng Cường Hồ Sơ Điện Tử Và Dữ Liệu Số
Từ ngày 01/6/2026, hồ sơ hải quan được nộp và lưu trữ chủ yếu dưới dạng điện tử. Cơ quan hải quan tăng cường kiểm tra dữ liệu khai báo thay vì yêu cầu nộp bản giấy. Doanh nghiệp cần đảm bảo tính đồng nhất giữa tờ khai, hóa đơn, vận đơn và chứng từ thanh toán. Đồng thời, hệ thống một cửa quốc gia tiếp tục được mở rộng — nhiều giấy phép chuyên ngành được cấp và truyền dữ liệu tự động sang hệ thống hải quan. Doanh nghiệp cần theo dõi trạng thái phê duyệt trên hệ thống trước khi truyền tờ khai để tránh lỗi và chậm thông quan.
Kiểm Soát Mã HS, Trị Giá Khai Báo Và Quản Lý Rủi Ro
Trong giai đoạn 2025–2026, cơ quan hải quan siết chặt kiểm tra ba nội dung: phân loại mã HS, xác định trị giá hải quan và xuất xứ hàng hóa (C/O). Kể cả khi thực hiện các hoạt động thương mại liên quan như nhập khẩu đá Granite, việc khai sai mã HS hoặc khai không đúng trị giá có thể dẫn đến ấn định thuế và xử phạt hành chính.
Việc phân luồng kiểm tra cũng dựa nhiều hơn vào lịch sử tuân thủ của từng doanh nghiệp. Đơn vị có hồ sơ vi phạm hoặc rủi ro cao sẽ dễ bị kiểm tra thực tế hoặc hậu kiểm sau thông quan. Hồ sơ lưu trữ đầy đủ và có hệ thống là yếu tố bảo vệ doanh nghiệp trong các tình huống này.
Lưu Ý Quan Trọng Khi Thực Hiện Xuất Khẩu Hàng Hóa
Danh Mục Hàng Hóa Phải Tiến Hành Kiểm Dịch Trước Khi Thông Quan
Không phải lô hàng xuất khẩu nào cũng cần kiểm dịch. Tuy nhiên, các nhóm hàng sau đây bắt buộc phải hoàn thành kiểm dịch và có chứng thư trước khi truyền tờ khai hoặc đưa hàng ra cảng:
- Nông sản, hạt giống, gỗ nguyên liệu, sản phẩm từ thực vật: Phải có Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật (Phytosanitary Certificate) do Cục Bảo vệ thực vật cấp.
- Động vật sống, sản phẩm có nguồn gốc động vật, thủy sản: Phải qua kiểm dịch thú y và có chứng thư của cơ quan thú y có thẩm quyền.
- Hàng có pallet gỗ hoặc bao bì gỗ xuất sang các thị trường như EU, Mỹ, Úc, Nhật: Phải có Giấy chứng nhận hun trùng (Fumigation Certificate) theo tiêu chuẩn ISPM 15.
- Thực phẩm, đồ uống, phụ gia xuất khẩu: Phải có Giấy chứng nhận an toàn thực phẩm phù hợp với yêu cầu của thị trường nhập khẩu.
Doanh nghiệp cần liên hệ cơ quan kiểm dịch chuyên ngành sớm — ít nhất 3–5 ngày làm việc trước ngày dự kiến cắt máng — để tránh trễ lịch tàu do chờ kết quả.
Quy Định Về Thời Gian Thông Quan Hàng Hóa
Thời gian thông quan phụ thuộc vào luồng kiểm tra mà tờ khai được phân. Luồng xanh hoàn tất trong 15–30 phút. Luồng vàng thường mất 2–4 giờ nếu hồ sơ đầy đủ và không có sai sót. Luồng đỏ có thể kéo dài 1–2 ngày làm việc, tùy mức độ phức tạp khi kiểm tra thực tế.
Ngoài ra, thời gian có thể kéo dài thêm trong trường hợp hồ sơ thiếu sót, cảng đang cao điểm hoặc hệ thống VNACCS quá tải. Doanh nghiệp nên truyền tờ khai sớm hơn ít nhất 1 ngày so với thời hạn cắt máng (closing time) của hãng tàu để có đủ thời gian xử lý phát sinh.
Giải Pháp Thuê Kho Bãi Và Lưu Trữ Hàng Hóa Xuất Khẩu Tại LogiHub
Một trong những khâu dễ bị bỏ qua khi lên kế hoạch xuất khẩu chính là lưu trữ hàng hóa trước khi thông quan. Hàng về cảng sớm hơn lịch tàu, hàng chờ kết quả kiểm dịch hoặc hàng bị delay thủ tục hải quan — tất cả đều phát sinh nhu cầu kho bãi trung gian. Chi phí lưu kho tại cảng theo giờ thường cao hơn nhiều so với thuê kho bãi bên ngoài.
LogiHub — đơn vị cho thuê kho bãi chuyên nghiệp tại TP.HCM — cung cấp hệ sinh thái 8 loại hình kho chuyên biệt, phù hợp với từng đặc tính hàng hóa xuất khẩu:
- Kho bãi nhà xưởng quy mô lớn: Trần cao 9–12 m (≈ 30–39 feet), tải trọng sàn 3–5 tấn/m², xe container 40–45 feet ra vào liên tục. Phù hợp với nhà sản xuất, nhà phân phối FMCG và doanh nghiệp xuất nhập khẩu cần diện tích lớn.
- Kho mát và kho lạnh: Kho mát duy trì 15°C–25°C (59°F–77°F); kho lạnh từ -18°C đến -22°C (−0,4°F đến −8°F) với data logger theo dõi nhiệt độ thời gian thực và máy phát điện dự phòng 24/7. Phù hợp với nông sản, thủy sản, thực phẩm đông lạnh và dược phẩm cần kiểm soát chuỗi lạnh trước khi xuất.
- Kho tự quản: Doanh nghiệp tự giữ chìa khóa, toàn quyền kiểm soát không gian bên trong. LogiHub cung cấp bảo vệ an ninh vòng ngoài 24/7, PCCC tự động và hỗ trợ xe nâng bốc xếp theo yêu cầu.
- Kho xây dựng theo yêu cầu (Built-to-suit): Thiết kế và xây dựng theo đặc tính riêng của từng loại hàng hóa và quy trình vận hành của doanh nghiệp.
Vị trí kho: 70 Đường Số 20, Phường Tân Hưng, TP.HCM — tuyến đường huyết mạch, không cấm tải theo giờ, kết nối trực tiếp với luồng container từ cảng Cát Lái.
LogiHub phục vụ cả doanh nghiệp (B2B) lẫn hộ kinh doanh (B2C). Doanh nghiệp chỉ trả đúng diện tích thực dùng, linh hoạt co giãn theo mùa vụ — không ràng buộc hợp đồng dài hạn bất hợp lý.
Liên hệ tư vấn miễn phí:
- Hotline: 0909 999 543 — hỗ trợ 24/7
- Email: info@dichvuchothuekho.com
- Địa chỉ: 70 Đường Số 20, Phường Tân Hưng, TP. Hồ Chí Minh
- Website: dichvuchothuekho.com
